Finalmente llevó al Imam a la prisión de Sindi Ibn Shahek quien torturaba continuamente al Imam en la prisión, le había puesto cadenas en sus manos y pies y lo había encerrado en una prisión en un sótano oscuro y húmedo que no recibía ninguna luz de modo que no se distinguía el día y la noche. Harun le dio dátiles venenosos a Ibn Shahek y le dijo que obligara al Imam a comer de estos dátiles. El día veintitrés de Rayab el Imam fue envenenado y el día 25 de Rayab del año 183 de la hégira alcanzó el martirio a la edad de 55 años. Algunos otros historiadores han dicho que los agentes de Harun vertieron plomo derretido en la garganta del Imam (P), y así fue que el Imam Kazim (P) alcanzó el martirio.
Después del martirio del Imam (P), pusieron su bendito cuerpo sobre el puente de Bagdad, y anunciaron a la gente que el Imam (P) había muerto por muerte natural. Después de que los shiítas se enteraron del martirio del Imam (P), se reunieron para su funeral y cuando levantaron el ataúd del Imam se dieron cuenta de que el ataúd era más pesado de lo normal, así que abrieron el ataúd y vieron que las cadenas de hierro aún estaban en sus manos y pies. El Imam fue enterrado en Kazimiya, un distrito en Bagdad que hoy en día se ha convertido en un gran santuario.
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