La orden del viernes se produjo después de que la Corte Suprema dictaminará que su arresto era “inválido e ilegal”.
“El tribunal ha otorgado una fianza de dos semanas”, dijo a los periodistas el abogado de Khan, Faisal Chaudhry.
Khan llegó en medio de estrictas medidas de seguridad a la corte en Islamabad el viernes, mientras sus partidarios se enfrentaron con la policía en otras partes de la capital.
Casi 2.000 personas han sido arrestadas por violencia desde la detención de Khan el martes y al menos ocho han muerto.
El partido Pakistan Tehreek-e-Insaaf (PTI), dirigido por Khan, dijo que miles de “paquistaníes pacíficos” se reunirían en Islamabad para mostrar su solidaridad con su líder.
Su arresto a principios de esta semana, que provocó disturbios mortales en el país, fue declarado nulo e ilegal por la Corte Suprema el jueves.
Imran Khan ha denunciado que las medidas contra él buscan impedirle presentarse a las próximas elecciones como candidato.