En el momento de su nacimiento colmó al recién nacido de Ahlul Bait un halo de esplendor y majestuosidad; nació igual que los otros Imames puro e inmaculado.
Todos conocían la preeminencia de este Imam y, tanto los hashimitas, alauitas así como los fatimitas lo consideraban su único heredero, lo reconocían por su valentía y superioridad y lo llamaban hashimi, alaui y fatimi.
Nació en Medina y murió a la edad de los cincuenta y siete años, envenenado por instigación del califa Omeya Hisham. Su Imamato permaneció durante diecinueve años.
El Imam Al-Baqir (P) presenció el martirio del Imam Husain (P) en Karbala, mientras contaba sólo con 4 años de edad. Vivió junto a su padre hasta su martirio, en el año 95, asumiendo luego el Imamato por orden de Dios, del Profeta (BP) y los Imames anteriores. Su madre se llamaba Shahr Banu, y era hija del Imam Hasan Ibn ‘Alí (P).
El Imam Al-Baqir (P) fue el más destacado de entre todos los hijos de ‘Alí Ibn Husain (P) y el único que reclamó el Imamato. Su hermano Zaid se levantó luego en contra del régimen Omeya, pero sin la intención de reclamar el imamato para sí mismo. Más adelante, un grupo lo reconocería a Zaid como Imam, pero no existían en él realmente las condiciones para ello. De todos modos, durante el Imamato del Imam Al-Baqir (P) no se produjo ninguna discordia al respecto.
La nobleza de su origen y honorabilidad resaltan en este pequeño episodio de su vida:
Un día el Mensajero del Islam (BP) dijo a su fiel compañero Yabir Ibn 'Abdul.lah Anzari: “¡Oh, Yabir! Tu tendrás una larga vida y te entrevistarás con uno de mis hijos (descendientes) de nombre Muhammad Ibn 'Ali Ibn Husain Ibn 'Ali Ibn Abi Talib, cuyo nombre, según lo que está escrito en la Tora será “Baqir”, entonces salúdalo de mi parte”.
El Mensajero de Dios (BP) falleció y Yabir vivió muchos años más. Un día Yabir fue a visitar a Imam Zain ul 'Abidin (P) y encontró en casa de éste a un niño de corta edad, a quien alargando sus brazos dijo: “¡Ven!” El niño se acercó. Entonces nuevamente Yabir dijo: “¡Vete!” y el pequeño se alejó. Yabir con su cansada vista examinaba la forma de caminar y el cuerpo del pequeño, entonces exclamó: “¡Por Dios, dueño de la Ka’bah, juro que este infante es una copia exacta del Mensajero de Dios!”, luego dirigiéndose a Imam Sayyad (P) le preguntó quién era ese niño.
“Es mi sucesor, Muhammad Al-Baqir” –respondió el Imam.
Yabir se levantó y después de besar los pies del infante, expresó: “Ofrezco mi vida por ti ¡oh, hijo del Mensajero de Dios!, recibe saludos y bendiciones de tu padre ya que él mismo te los ha enviado”.
El pequeño con los ojos llenos de lágrimas le contestó:
“Salud y bendiciones sean para mi padre (ancestro), el Mensajero de Dios (BP), hasta que el cielo y la tierra permanezcan firmes y para ti, Yabir, que me trajiste sus saludos”.