Harun se encontraba muy disgustado por la disconformidad de la familia de ‘Ali (P), y por ello hizo hasta lo imposible para terminar con ellos y humillarlos ante la sociedad; entregaba grandes cantidades de dinero a los poetas que se habían vendido a la corte, para que dijesen cosas contrarias de la familia de ‘Ali Ibn Abi Talib (P). Por ejemplo: ordenó que llevaran a Mansur Al-Namari –por un poema que había dicho en contra de la familia de ‘Ali–, a donde se encontraba el tesoro público para que tomara cuanto quisiese.
Exilió a todos los alíes (seguidores de ‘Ali) de Bagdad a Medina, y mató o envenenó a un gran grupo de estos. Inclusive lo molestaba el que la gente fuese a visitar la tumba del Imam Husain (P), por ello ordenó que destruyeran la tumba así como las casas que la rodeaban, y que cortaran el azufaifo que se encontraba cerca de la tumba.
El Mensajero de Dios en tres ocasiones dijo: "¡Dios maldiga a aquel que corte el azufaifo!".
No hay duda, que el Imam Musa Al-Kadzim (P) no podía estar de acuerdo con un hombre como Harun ni tampoco con los antepasados de éste; y fueron estas razones por las cuales aceptó el levantamiento de "Faj", y desde ese día se entrevistaba en secreto con sus seguidores shiítas, y les determinaba la posición que debían ocupar cada uno de ellos en contra del gobierno opresor.
El Imam manifestó a "Safwan Ibn Mihran", que era uno de sus seguidores: "Tú, desde cualquier punto, eres bondadoso, lo único malo es que alquilas tus camellos a Harun". Respondió: "Se los alquilo para que vaya a la peregrinación; y yo mismo no lo acompaño".
"¿Acaso por ello, no deseas dentro de ti que Harun regrese con bien de La Meca y te pague por el alquiler?" Le preguntó el Imam."¡Sí!""Aquél que deseé que los opresores no pierdan la vida, es considerado uno de ellos".Y si a veces el Imam les permitía a algunos que mantuviesen su puesto en la corte de Harun, era porque desde el punto de vista político lo consideraba conveniente. Él escogía a aquellos que sabía que eran convenientes para los shiítas, que desarrollasen ese puesto dentro del gobierno sofocante, opresor y terrorista. Así también por medio de ellos, se enteraba de cualquier movimiento que quisiesen hacer en contra de los alawitas. Como en el caso de "‘Ali Ibn Iaqtiin" cuando quiso renunciar a su puesto en la corte de Harun, el Imam se lo impidió.
Así es, de ninguna manera el Imam reconocía a estos tiranos, inclusive hasta cuando se veía atrapado en las garras de su dictadura.
Un día que el Imam se encontraba encarcelado, Harun envió a "Yahia Ibn Jalid" para proponer al Imam que en caso de que le pidiese perdón, lo dejaría en libertad; el Imam rechazó la proposición.
Inclusive en las peores situaciones el Imam era infatigable, valiente, polemista y rechazaba la amistad de Harun. En el contenido de la carta que escribió a Harun cuando se encontraba encarcelado, deja ver el valor, la fe, la creencia y la meta de éste gran hombre:"…Yo paso el día soportando dificultades mientras que tú ese mismo día lo pasas disfrutando de comodidades; pero sigue así hasta el día en que los dos nos encontremos en el Día interminable y ese día los pecadores serán los perdedores…".Así fue como Harun no pudo soportar más la presencia del Imam; es inconcebible pensar que Harun se encontraba celoso, únicamente por el nivel espiritual que ocupaba el Imam dentro de los corazones de la gente, y por ello lo había encarcelado.Él estaba enterado por medio de sus espías, de las continuas reuniones secretas que sostenía el Imam con sus shiítas y también sabía que el Imam, en cualquier momento que tuviese la oportunidad, ya fuese él mismo o sus seguidores, terminaría con su gobierno; veía que dentro del espíritu infatigable del Imam no había cabida para la reconciliación. Y si el Imam algunos días aguardó, no significaba que silenció, sino que era una táctica de espera para encontrar el momento de dar el golpe necesario; por ello Harun se adelantó y engañando a la gente y con completa deshonestidad se colocó ante la tumba del Mensajero de Dios y sin avergonzarse por haber tomado en sus manos el gobierno, por sus tiranías, por robar las pertenencias de la gente y por haber cambiado el califato por reinado, dijo al Mensajero de Dios: "¡Oh, Mensajero de Dios! Discúlpame por la decisión que he tomado hacia tu hijo Musa Ibn Ya‘far; en verdad no quiero encarcelarlo, pero temo que tu pueblo hostilice y sea vertida la sangre; ¡es por eso que lo hago!"
A continuación ordenó que apresaran al Imam que se encontraba realizando su oración cerca de la tumba del Profeta y lo llevaran a Basora, en donde fue encarcelado.El Imam estuvo un año en la cárcel, bajo la supervisión de ‘Isa Ibn Ya‘far, gobernador de Basora, y las virtudes sobresalientes del Imam influyeron a tal grado en él que finalmente este asesino escribió a Harun solicitando: "¡Quítamelo!, que de lo contrario lo pondré en libertad".
Por orden de Harun, trasladaron al Imam a Bagdad y lo encarcelaron bajo la supervisión de Fadl Ibn Rabi‘, después de un tiempo Fadl Ibn Yahia se encargó de él, y al fin, fue trasladado a la cárcel de Sandi Ibn Shahak.
La causa de todos estos continuos cambios, fue que Harun ordenaba a sus alcaldes que asesinaran al Imam pero ninguno de ellos se atrevió a hacerlo, hasta que éste último, Sandi Ibn Shahak; obedeciendo las órdenes de Harun, lo envenenó. Cuando el Imam se encontraba agonizando, Sandi llamó a un grupo de gente conocida y respetada, para que atestiguara que el Imam Musa Al-Kadzim (P) no había sido asesinado y que había muerto por una enfermedad natural. Con este engaño quería exculpar al gobierno ‘Abbasí de la muerte de este grandioso hombre y detener el posible levantamiento de los seguidores del Imam.
Pero, la inteligencia y resistencia del Imam los difamó ya que cuando los testigos vieron a visitarlo, él, a pesar de que lo habían envenenado fuertemente, y en el estado delicado y débil en el que se encontraba dijo a los presentes: "Me envenenaron con nueve dátiles; mañana mi cuerpo tomará un color verdoso y pasado mañana dejaré este mundo".Y así sucedió, tal y como este gran hombre les informó.Dos días después, el día 25 de Rayab del año 183 d.H./sábado 31 de agosto de 799 d.C., el Cielo, la Tierra, y todos los creyentes, en especial los shiítas que habían perdido a su verdadero guía, se vistieron de luto.