Muchos de ellos llegaron al poder en primera instancia durante el califato de 'Uzmán, como Marwan Ibn Al Hakam. Pero tras la muerte del tercer califa y el acceso al poder por parte del Imam ‘Alí (P), fueron destituidos y los bienes que habían obtenido, fueron decomisados. El odio hacia el Imam ‘Alí (P) se incrementó, y ellos lo enfrentaron hasta lograr que Mu'awiyah Ibn Abu Sufián tomara el califato.
El gobierno Omeya se caracterizó por su tiranía, libertinaje y violación de todas las normas religiosas. Ellos atacaron a la familia del Profeta, masacraron al Imam Husain (P) y sus compañeros en Karbala y conspiraron para envenenar al Imam Hasan, Imam‘Alí Ibn Husain y al Imam Muhammad al Baqir (P), además mataron a cientos de shiítas y opositores de su régimen. Uno de sus generales llamado Hayyay fue responsable de la ejecución de cuarenta mil musulmanes, entre ellos muchos de los compañeros de ‘Alí (P) como por ejemplo Qanbar y Kumail.
También saquearon Medina y profanaron la tumba del Santo Profeta. Atacaron La Meca con catapultas, produciendo la rotura de la piedra negra, y violaron la santidad del santuario (Haram) ejecutando a sus opositores, como 'Abdul.lah Ibn Zubair que fue colgado en la Ka’ba. Sus atrocidades no tenían límite. Uno de ellos hizo construir sobre la Ka’ba una habitación para tener un lugar de goce y diversión durante la peregrinación anual. Otro, según se relata, usaba el Sagrado Corán como blanco de sus flechas. Tomaban vino en público y organizaban fiestas con bailarinas y demás. Despilfarraban el dinero en frivolidades. En definitiva introdujeron toda la corrupción de las grandes cortes imperiales, sobre todo de Bizancio, al naciente gobierno islámico. Construyeron un gran imperio árabe donde el Islam sólo figuraba como título formal, y como todo imperio humano, su propia corrupción lo llevó a su decadencia y su fin.
El gobierno Omeya duró unos ochenta años. El descontento popular iniciado tras la masacre de Karbala, fue creciendo hasta formar una continua ola de levantamientos. La consigna que encabezaban los mismos era el derecho a gobernar de los Bani Hashim, el clan al que pertenecía el Profeta. Uno de estos levantamientos fue encabezado por Zaid Ibn ‘Alí, el tío del Imam As-Sadiq (P), a pesar de las recomendaciones del Imam. Zaid fue traicionado por la gente de Kufa y fue asesinado. Su cuerpo fue colgado durante tres días y luego quemado. Tiempo después se formaría un grupo conocido con el nombre de "Zaiditas" el cual consideraba a Zaid como uno de los Imames. Ellos aún existen.
Finalmente son derrotados en el año 128 (d.H.). El último califa Omeya, Al Himar, huyó con su familia hacia el desierto. Uno de los sobrevivientes, Abdu Arrahman, fundó cinco años después el califato independiente de Córdoba en España, el cual subsistiría durante trescientos años.