El Imam Ya'far As-Sadiq (P) asumió el Imamato tras la muerte de su padre, habiendo sido designado para él mismo por sus antecesores. En el tiempo de su Imamato presentó ciertas particularidades. En primer lugar, el cambio de gobierno, con el derrocamiento de los Omeyas y la asunción al poder de los 'Abbásidas. En segundo lugar, el enfrentamiento a corrientes de pensamientos filosóficos ajenos al Islam y la formación de grupos de estudio de teología, que más tarde darían lugar a las distintas escuelas del Islam, habiendo transcurrido cien años de la muerte del Profeta. Bajo estas condiciones, el Imam As-Sadiq (P) sentó las bases doctrinarias de la escuela shiíta, dando lugar a su pleno florecimiento, al punto que esta escuela también se la llama "Ya’farita".
Los seguidores del Imam Al-Baqir (P) cuentan que éste lo señaló muchas veces. En una ocasión dijo: "¿Ven a aquel hombre? (señalando a Ya’far-P-) El es uno de aquellos de quienes Dios Ha dicho: ‘Quisimos favorecer a quienes habían sido humillados en la tierra y hacerlos Imames y herederos’ (28:5)".
En otra ocasión se dijo sobre él: "He aquí la mejor de las criaturas".
Como ya señalamos, la época en la que transcurrió su Imamato fue muy especial. Se le concedieron ciertas libertades y el Imam pudo realizar una abierta difusión de las enseñanzas shiítas. Organizó la Escuela Imamita, teniendo a su cargo más de cuatro mil discípulos. El Imam les daba clases ordenándoles que dejaran todo asentado por escrito. A algunos de ellos les enseñaba en forma particular, especializándolos en diversas áreas. De este modo instruyó a sabios en las distintas ciencias de la religión y en otras ciencias, como por ejemplo química, medicina, matemáticas, física, astronomía, etc. Sus alumnos tradujeron al árabe las obras de los grandes pensadores griegos, latinos y persas, muchas de las cuales se han conservado hasta nuestros días.
También instruyó a muchos eruditos sunnitas, como Abu Hanifah (líder de la Escuela Hanifita), Malik Ibn Anas (líder de la Escuela Malikita), Sufián Azzuri, etc. En realidad las cuatro escuelas sunnitas tienen sus raíces en Ya’far As-Sadiq (P), al igual que toda la ciencia del mundo occidental.
Esta colosal tarea es la continuación de la línea de trabajo de sus ancestros, y no un mérito exclusivo del Imam Ya'far As-Sadiq (P). A él le tocó aprovechar la oportunidad, y así lo hizo. Sin embargo no gozó de plenas libertades durante su Imamato. El último califa omeya Hisham, lo había mandado a encarcelar y trasladar a Damasco.
Luego, el primero de los 'Abbásidas, Saffar, también lo mandó a prisión llevándolo a Iraq.
Después Al-Mansur Al-Dauaniqi, el segundo califa 'Abbásida, lo acusaba continuamente de conspiración, haciéndolo trasladar de Medina a Samarra para que declarase.