El ataque tuvo lugar el martes y tuvo como objetivo el centro musulmán "Ismaili" de la ciudad.
El atacante apuñaló a dos empleadas del centro e infligió heridas graves a un hombre que se encontraba allí.
Los oficiales fueron llamados al centro poco antes de las 11:00 am (10:00 GMT), donde se encontraron con un hombre "armado con un cuchillo grande", dijo un comunicado de la policía.
“Ante la grave y constante amenaza, los policías utilizaron armas de fuego contra la persona, golpeando y neutralizando al agresor”, dice el comunicado sobre el hombre, quien fue trasladado al hospital para ser atendido.
La policía portuguesa ha acusado a un "refugiado afgano" de organizar el ataque.
Según los medios portugueses, el atacante solía visitar con frecuencia el centro para recoger alimentos donados y estudiar portugués.
Las víctimas han sido identificadas como la maestra de 40 años del atacante en el centro y un compañero de clase de 20 años, según los informes.
Las dos víctimas eran ciudadanos portugueses que trabajaban en el centro, dijo la cadena de televisión SIC citando a Nazim Ahmed, líder de la comunidad ismaelita en Portugal.
“La comunidad musulmana ismaelita, conocida por sus principios de humanidad, paz y ayuda mutua, está de luto y conmocionada por estos trágicos eventos”, dijo Faizal Ali, otro líder de la comunidad, a los periodistas en un breve comunicado.
Mientras tanto, el ministro del Interior de Portugal, José Luis Carneiro, dijo: "Hay muchas razones para creer que se trató de un acto aislado. Las circunstancias y los motivos de este acto están siendo investigados por la policía".